Olá, o que procura é uma app GPS que seja capaz de resolver o problema do "caixeiro viajante" com a diferença de não pretender regressar à cidade de origem como no problema original (mais informação
pt.wikipedia.org/wiki/Problema_do_caixeiro-viajante
).
Penso ter lido em algum lado que alguns GPS "físicos" da Garmin conseguem ordenar os pontos de passagem automaticamente, no entanto, como pede uma app, teste o Sygic(costumava ser grátis por 7 dias) ou mesmo o Garmin viago, e veja se um deles tem essa funcionalidade, pois eu neste momento não o consigo fazer.
Também pode optar por preparar o percurso no computador, por exemplo através deste programa
wiki.openstreetmap.org/wiki/Traveling_salesman
e depois colocar no GPS já ordenado.
Peço desculpa pelo texto longo, mas apesar de não lhe conseguir dar uma resposta certa, penso que lhe consegui dar um ponto de partida